L'objectif premier des communautés religieuses qui s'établissent en Nouvelle-France est l'évangélisation des sauvages. Les religieux, en majorité des jésuites, mènent leur travail en établissant des missions, soit au cœur des territoires des différentes nations, soit auprès des habitations françaises. La première d'entre elle est créée par les jésuites à Sillery près de Québec en 1637. Établie à proximité de Montréal par les sulpiciens, la mission de La Montagne ressemble, en 1694, à un petit domaine à l'européenne où vivent environ 220 Indiens domiciliés. C'est dans ce type de mission que l'assimilation des Amérindiens au mode de vie français est jugée la plus efficace. Le cas de la vénérable Catherine Tegahkoutta [Kateri Tekakouitha] est exceptionnel puisqu'elle appartenait à la nation iroquoise, particulièrement difficile à convertir. Le succès de l'apostolat est cependant minime proportionnellement aux efforts déployés. Par ailleurs, la présence de missionnaires contribue à favoriser le maintien de relations politiques et économiques entre Français et Amérindiens.